A Fundação Portugal-África, na execução dos projectos que vem realizando, tem procurado estabelecer parcerias com outras instituições, procurando criar as condições técnicas e financeiras que possibilitem o êxito de cada iniciativa.

Nessas parcerias salienta-se, a Associação Empresarial de Portugal, o Ministério da Educação, a Fundação Calouste Gulbenkian, o IPAD – Instituto de Apoio ao Desenvolvimento, o POSI – Programa da Sociedade da Informação, o BIM, etc.

Também a Fundação Portugal-África tem participado em iniciativas de outras instituições, como a Câmara Municipal do Porto, a Fundação Mário Soares, a ACEP – Associação para a Cooperação Entre os Povos, etc.

Em Novembro de 2006, a Fundação Portugal-África assinou a Plataforma sobre Políticas de Acolhimento e Integração de Imigrantes, de que fazem parte do núcleo fundador diversas Fundações, Autarquias, Centrais Sindicais, Associações Empresariais e Autoridades Religiosas. Com a criação da Plataforma, sugerida pela Fundação Calouste Gulbenkian, pretende-se debater a problemática da imigração em Portugal, analisando os seus diferentes aspectos e propondo políticas de integração e acolhimento de nacionais de países terceiros e seus descendentes.